持分割合に応じた現物分割であれば、譲渡所得税（所得税・住民税）は原則として課税されません（所得税法基本通達33-1の7、所得税法58条）。一方、換価分割や全面的価格賠償による分割は不動産の売買と同じ扱いになり、譲渡所得税の課税対象になります（所得税法33条）。
結論
共有物分割で税金がかかるかどうかは、どの分割方法をとるかで変わります。
共有物分割は、経済的・実質的に見れば、各共有者が持っていた潜在的な権利が具体化したにすぎません。分割によって共有資産そのものの同一性が失われるほどの変化や、値上がりによる利得が生じるわけではないため、共有物分割によって課税関係は生じないのが原則です。持分割合に応じた現物分割（不動産そのものを物理的に分ける方法）が非課税で処理できるのは、この考え方によります。
ただし、非課税の扱いを受けられるのは、共有持分割合と分割結果が経済的に整合している場合に限られます。換価分割（売却して代金を分ける方法）や全面的価格賠償（共有者の1人がお金を払って不動産全体を取得する方法）は不動産の売買と同じ扱いになり、譲渡所得税が課税されます。所得税が課税される場合には、これに連動して住民税も課税されます。
根拠と条件
現物分割が原則非課税になる根拠
税務上、共有物分割の性質は交換（または売買）と位置づけられています。たとえばA・B共有の土地を東西2筆に分けてそれぞれの単独所有にする場合、東側の土地はBの持分をAに移転し、西側の土地はAの持分をBに移転した、と捉えます。最高裁も、共有物分割の実質は共有者相互間における持分の交換または売買にあたると判断しています（最判昭和42年8月25日）。
持分の移転と捉える以上、形式的には資産の譲渡にあたり、本来なら譲渡所得税の課税関係が生じます。この形式的な結論は分割の実質と合いません。そこで税務上は、次の二つの例外的な取扱いが設けられています。
① 共有物分割の基本通達（所得税法基本通達33-1の7）
共有持分に応じた現物分割については、譲渡はなかったものとして取り扱われます。分割後の価格比が持分割合とおおむね等しい場合も同様です（同通達注2）。法人には法人税法基本通達2-1-19に同趣旨の定めがあります。
② 固定資産の交換の特例（所得税法58条、法人税法50条）
固定資産の交換について、一定の範囲で譲渡はなかったものとして取り扱う制度で、共有物分割にも適用されます。交換差金（交換する資産の価額差を補うために授受される金銭）がある場合でも、差金が交換した資産のうち大きいほうの価格の20%相当額を超えなければ適用でき、その場合は交換差金だけが課税対象になります。
二つの例外は要件が多少異なりますが、実際には重なることが多く、いずれを適用してもよいとされています。現物分割は一般的に①に該当することが多く、該当すれば非課税です。
非課税にならない場合
分割結果が共有持分割合と経済的に整合しない場合には、上記の例外規定を使えず、原則どおり売買と同じように譲渡所得税が課税されます。取得した財産の価格が持分の価格を上回った共有者については、対価を支払わずに差額分を得たことになるため、低額譲渡と同様に贈与税が課税される可能性もあります。
具体的な場面での適用
| 分割方法 | 譲渡所得税（所得税・住民税） |
|---|---|
| 現物分割（持分割合どおり） | 原則非課税 |
| 現物分割（持分割合と不整合） | 差額部分に課税。贈与税の可能性もあり |
| 現物分割＋調整金（部分的価格賠償） | 調整金部分に課税 |
| 換価分割 | 課税（共同売却と同じ扱い） |
| 全面的価格賠償 | 課税（持分の売買と同じ扱い） |
現物分割に金銭の授受を伴う場合
現物分割と価格賠償を組み合わせ、賠償金の支払いが生じる分割類型があります。この金銭は、民事上は賠償金と呼ばれますが、税務上は調整金と呼ばれます。調整金がある場合、共有物分割の基本通達は適用されません。固定資産の交換の特例は、要件を満たせば適用されますが、その場合でも調整金部分は交換差金として譲渡所得税の課税対象になります。
換価分割の場合
換価分割は、分割により不動産が金銭に換わるため資産の譲渡に該当し、共有者全員による第三者への共同売却と同じ状態になります。そのため、一般的な不動産の売却と同様に譲渡所得税が課税されます。形式的競売（共有物分割のために裁判所が命じる競売）による代金分割であっても、特別な非課税規定はなく、通常の共同売却と同じ課税関係が生じます。
全面的価格賠償の場合
全面的価格賠償は、共有者間での共有持分の売買としての性質をもちます。税務上も資産の譲渡に該当し、代償金を受け取って持分を手放した共有者の側に、譲渡所得税が課税されます。
将来の売却時への影響
共有物分割が非課税で処理された場合、その効果は将来の売却時の税金にも及びます。分割後にその不動産を売却して譲渡所得税を計算する際、所有期間の短期・長期の判定は、共有物分割の前後を通算した期間で行います。反対に、共有物分割について譲渡があったものとして課税された場合には、共有物分割の時点が所有期間の起算点になります。